L'île Juan de Nova est une île tropicale plate de 4,4 km² située dans le canal du Mozambique et entourée d'une grande barrière de corail.

Elle tient son nom de João da Nova, le navigateur portugais qui la découvrit.

Une ligne de chemin de fer y fut construite pour transporter le guano. Elle n'est aujourd'hui plus utilisée.

L'île n'offre aucun port, mais possède une piste d'aviation de 1,2 km.
Population : 15 habitants.

L'île était parfois surnommée "île de Jean-de-Noves", pour montrer que cette possession appartient bien à la France. Cette dénomination se trouvait dans les atlas des années 1970 (lors de l'indépendance de Madagascar). Pour la distinguer du nom de personne, l'Insee utilise maintenant des traits d'union dans sa dénomination dans le Code officiel géographique (COG, révision 2008 amendée pour tenir compte du nouveau statut des TAAF dont l'île fait maintenant partie).

L'île s'est construite au sommet d'un promontoire sous-marin à partir d'un récif corallien qui a fini par émerger pour former une île recouverte de sable issu du démantèlement du récif par les courants marins. Ils sont ensuite transporté sur les terres par les vents dominants Sud - Sud-Ouest pour former des dunes d'une dizaine de mètres de hauteur et qui constituent les "sommets" les plus élevés de l'île.

La côte Sud-Ouest est ceinturé par une barrière corallienne qui empêche tout débarquement tandis que la côte Nord-Est est constitué d'un lagon complètement ensablée et émergé à marée basse. Elle est traversée par la seule passe permettant l'accès à l'île.
L'approche difficile de l'île a provoqué l'échouage de nombreux navires dont persistent certaines épaves comme celle du SS Tottenham (à g.) (surnommé le Charbonnier), échoué en 1911 sur la côte Sud-Ouest.

La longueur de l'île entre les pointes Est et Ouest est de 6 km pour 1700 m de largeur soit une superficie d'environ 500 hectares. L'atoll tout entier présente une circonférence de 30 km mais l'atoll est entouré d'une zone économique exclusive de 61.050 km².

La présence d'une importante colonie aviaire sur l'île a permis le dépôt d'une importante couche de guano à la surface de l'île. Il représente la première ressource exploitée au cours du XXe siècle. Elle s'accompagne de l'implantation des premières infrastructures sur l'île et de la plantation de cocotier pour compléter les exportations. L'exploitation du guano a cessé vers 1970 suite à la chute des prix des phosphates.

FAUNE ET FLORE

Trois à quatre fois par an, des scientifiques débarquent à l'île Juan de Nova pour y mener des études sur les écosystèmes. L'inventaire naturaliste est bien commencé, mais celui de la biodiversité (génétique notamment) est à peine esquissé. Tout, ou presque, reste à découvrir.
Des chercheurs d'Ecomar (Laboratoire d'écologie marine) recensent et observent depuis plus de 15 ans les oiseaux marins qui tourbillonnent bruyamment au-dessus des plages de l'atoll. Ils étudient en particulier le comportement des deux millions de couples de sternes qui ont trouvé refuge à l'île Juan de Nova pour y former la plus grosse colonie de l'océan Indien. Avec les autres Éparses, surtout l'île Europa, cet îlot revêt une même importance majeure pour la sauvegarde de l'avifaune à l'échelle de la planète. Pascale Chabanet de l'Institut de recherche pour le développement (IRD), explore avec d'autres scientifiques les eaux marines et explique : "les récifs de ces îles désertes et isolées comme l'île Juan de Nova sont préservés de toute pollution et de toute influence anthropique. Mais elles sont affectées par le dérèglement climatiques".
Un enjeu est d'utiliser ces archives de nature relativement préservée et "primitive comme témoins et mesurer la part imputable à l'homme dans les bouleversements qui ébranlent l'équilibre de la planète".

On observe et cherche aussi à réparer les impacts de certaines introductions par l'Homme d'espèces exogènes qui peuvent devenir invasives, dont des moustiques culicidés tels que Aedes aegypti, Aedes fryeri, Culex sitiens, Culex tritaeniorhynchus, Mansonia uniformis récemment observés sur l'île, ainsi que Aedes albopictus, espèces asiatique qui a récemment (en 30 ans, depuis les années 1980) colonisé plus de 28 pays et qui peut véhiculer des arbovirus pathogènes).